• Émilien Batôt

"Passe sanitaire" et obligation vaccinale dans la fonction publique

Dernière mise à jour : il y a 4 jours


Annoncés par le président de la République lors de son allocution télévisuelle du 12 juillet dernier, la loi n° 2021-1040 du 5 août 2021 relative à la gestion de la crise sanitaire, et son décret d’application n° 2021-1059 du 7 août 2021, viennent fortement bouleverser de nombreux pans de la vie en société par la création d’une obligation vaccinale pour certains professionnels, mais surtout par le déploiement du « passe sanitaire » et l’édiction de lourdes conséquences pour celles et ceux qui ne se soumettraient pas à ces obligations.


Outre des dispositions propres, ces textes viennent modifier la loi n° 2021-689 du 31 mai 2021 relative à la gestion de la sortie de la crise sanitaire et le décret n° 2021-699 du 1er juin 2021 prescrivant les mesures générales nécessaires à la gestion de la crise sanitaire. La loi introduit également directement la vaccination obligatoire contre la Covid-19 pour de nombreux professionnels.


Ces textes ont ainsi nécessairement des incidences sur la fonction publique.


La Direction Générale de l’Administration et de la Fonction Publique (DGAFP), la Direction Générale des Collectivités Locales (DGCL) et la Direction Générale de la Cohésion Sociale (DGCS) ont déjà émis une circulaire[1], une instruction[2], une note d’information[3], ainsi que des « questions/réponses »[4], visant à rappeler et/ou préciser lesdits textes, mais qui font d’ores et déjà faire l’objet de débats, tant dans leur contenu que leur caractère (ou non) contraignant (la Direction Générale de l’Organisation des Soins (DGOS), qui gère la réglementation de la fonction publique hospitalière, n’a, au jour de la rédaction de cette analyse, pas publié de « questions/réponses » ou d’instruction).


L’application de ces textes promet ainsi d’être des plus délicates, du fait tant de l’importance du contrôle devant être mis en place par les employeurs (et des sanctions en cas de non-respect du contrôle), que de la densité de ces textes complexes et remplis de conditions diverses, ou encore que des multiples zones d’ombres laissées par les textes et précisions apportées par les ministères dans ces « questions/réponses » et instructions à la valeur incertaine.


Nous attirons la particulière attention des employeurs publics sur le fait que l’absence de mise en place des contrôles (et ce, immédiatement) est sanctionnée :

  • Pour l’obligation vaccinale, par une sanction pénale personnelle de l’employeur (l’autorité territoriale, le chef d’établissement…) ;

  • Pour le passe sanitaire : par la possibilité pour le préfet du département, après mise en demeure restée sans effet, de faire fermer l’établissement pour une durée de 7 jours maximum, avec, en cas de récidive, une sanction pénale personnelle de l’employeur.


Les éléments présentés dans la présente analyse sont ceux issus de la loi et du décret. Les éventuelles précisions apportées par les « questions/réponses » et autres documentations ministérielles font l’objet d’une précision, et éventuellement d’une alerte, en ce sens, étant rappelé que ces documents ministériels n’ont pas valeur contraignante et ne sont pas opposables[5].


Avant de traiter des personnels soumis « simplement » au « passe sanitaire » (II), revenons sur les personnels qui doivent eux obligatoirement être vaccinés contre la Covid-19 (I). Nous ferons état dans une dernière partie d’alertes et de critiques générales sur le système ainsi mis en place (III).



I - Les personnels soumis à l’obligation vaccinale (article 12 de la loi du 5 août 2021)


Certains personnels sont directement soumis à une obligation vaccinale, listés par l’article 12 de la loi du 5 août 2021.


A nouveau, nous ne retenons ici, parmi la liste dressée par l’article précité, que les situations susceptibles de concerner des agents publics.


Après avoir déterminé les personnels concernés par l’obligation vaccinale (A), nous reviendrons sur la mise en œuvre de cette obligation (B), ses modalités de contrôle (C) et les conséquences liées à son non-respect (D).



I.A – Personnels concernés par l’obligation vaccinale


Les personnels concernés sont les suivants :


1. Toutes les personnes exerçant leur activité dans les lieux suivants[6] :

  • Établissements de santé dans leur ensemble[7] et hôpitaux des armées ;

  • Centres et maisons de santé[8] ;

  • Centres médicaux et équipes de soins mobiles[9] ;

  • Dispositifs d’appui à la coordination ;

  • Centres de lutte contre la tuberculose[10] ;

  • Centres gratuits d’information, de dépistage et de diagnostic (CIDD)[11] ;

  • Services de médecine préventive et de promotion de la santé du milieu étudiant[12] ;

  • Services de prévention et de santé au travail mentionnés à l'article L. 4622-1 du code du travail et services de prévention et de santé au travail interentreprises définis à l'article L. 4622-7 du même code ;

  • Les établissements et services sociaux et médico-sociaux suivants[13] (sauf pour les travailleurs handicapés accompagnés dans le cadre d’un contrat de soutien et d’aide par le travail[14]) :

  • Établissements ou services publics d'enseignement qui assurent, à titre principal, une éducation adaptée et un accompagnement social ou médico-social aux mineurs ou jeunes adultes handicapés ou présentant des difficultés d'adaptation ;

  • Centres d'action médico-sociale précoce[15] ;

  • Établissements ou services publics d’aide par le travail ;

  • Établissements ou services publics de réadaptation, de préorientation et de rééducation professionnelle pour handicapés ;

  • Établissements et services publics qui accueillent des personnes âgées ou qui leur apportent à domicile une assistance dans les actes quotidiens de la vie, des prestations de soins ou une aide à l'insertion sociale (dont font partie les EHPAD) ;

  • Établissements et services publics, y compris les foyers d'accueil médicalisé, qui accueillent des personnes handicapées, quel que soit leur degré de handicap ou leur âge, ou des personnes atteintes de pathologies chroniques, qui leur apportent à domicile une assistance dans les actes quotidiens de la vie, des prestations de soins ou une aide à l'insertion sociale ou bien qui leur assurent un accompagnement médico-social en milieu ouvert ;

  • Établissements ou services publics qui assurent l'accueil et l'accompagnement de personnes confrontées à des difficultés spécifiques en vue de favoriser l'adaptation à la vie active et l'aide à l'insertion sociale et professionnelle ou d'assurer des prestations de soins et de suivi médical, dont les centres de soins, d'accompagnement et de prévention en addictologie, les centres d'accueil et d'accompagnement à la réduction des risques pour usagers de drogue, les structures dénommées " lits halte soins santé ", les structures dénommées " lits d'accueil médicalisés " et les appartements de coordination thérapeutique ;

  • Établissements ou services « à caractère expérimental » au sens du 12° du I de l’article L. 312-1 du code de l’action sociale et des familles ;

  • Résidences-services.


Aussi, tous les personnels exerçant dans les structures précitées doivent être vaccinés, qu’importe leurs fonctions. Dès lors, les personnels administratifs des hôpitaux, par exemple (attachés d’administration hospitalière, adjoint des cadres…) doivent être vaccinés contre la Covid-19, qu’importent leurs conditions d’exercice.


NB : médecine préventive : Sont étonnamment exclus de cette liste les services de médecine préventive de la fonction publique de l’État et de la fonction publique territoriale (les services de santé au travail au sens du code du travail, eux visés par l’article 12 de la loi du 5 août 2021, ne concernent que les employeurs privés, les employeurs publics employant des salariés de droit privé, et les établissements de santé, sociaux et médico-sociaux de la fonction publique hospitalière[16]). A ce titre, nous ne partageons donc pas la position des « Questions/réponses » et autres documents d’information de la DGAFP et de la DGCL, qui estiment – dans une appréciation contraire aux textes – que tous les agents travaillant dans un service de médecine préventive doivent, par principe, être vaccinés (leur vaccination dépendant plutôt de leurs conditions de travail en collaboration, dans les conditions précisées ci-après, avec un médecin de médecine préventive).



2. Tous les professionnels de santé (de la quatrième partie du code de la santé publique) qui n’exerceraient pas dans les établissements précités. On relèvera que font notamment partie de cette liste (pour ce qui intéresse la fonction publique) les professions suivantes : médecins (dont les médecins du travail et les médecins de la médecine préventive), infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, pédicure-podologues, ergothérapeutes, psychomotriciens, orthophonistes, orthoptistes, aides-soignants, auxiliaires de puériculture, technicien de laboratoire médical, diététicien…


NB : personnels des crèches : sur ce point, la DGCL, se fondant sur une instruction de la DGCS, indique dans ses divers documents d’information que les professionnels de crèche, d’établissements ou de services de soutien à la parentalité ou d’établissements et services de protection de l’enfance ne sont pas concernés par l’obligation vaccinale. Cette information est contraire aux textes précités, notamment en raison de la présence d’auxiliaires de puériculture dans ces établissements, auxiliaires soumis à l’obligation vaccinale. Aucune disposition des textes législatifs et réglementaires n’exclut les auxiliaires de puériculture de ces établissements des obligations précitées, pas plus que lesdits établissements dans leur ensemble. Ils ne sauraient donc être exclus par les précisions apportées par ces documents à valeur non contraignante.



3. Les autres personnes/professions suivantes qui ne seraient pas concernées par les deux premiers cas :

  • Psychologues ;

  • Ostéopathes et chiropracteurs ;

  • Psychothérapeutes ;

  • Étudiants et élèves des établissements préparant aux professions de santé (du 2 ci-dessus) et aux professions de cette présente liste ;

  • Toutes les personnes travaillant dans les mêmes locaux que les professionnels de santé (du 2 ci-dessus) et professionnels de cette présente liste, c’est à dire[17] les « espaces dédiés à titre principal à l’exercice de l’activité [de ces professionnels] ainsi que ceux où sont assurés, en leur présence régulière, les activités accessoires, notamment administratives, qui en sont indissociables » ;

  • Sapeurs-pompiers et marins-pompiers des services d’incendie et de secours, pilotes et personnels navigants de la sécurité civile lorsqu’ils assurent la prise en charge de victimes ;

  • Militaires des unités permanentes de missions de sécurité civile.


L’article 12, en son point III, prévoit enfin une dérogation générale : la vaccination obligatoire ne s’applique pas aux « personnes chargées de l'exécution d'une tâche ponctuelle au sein des locaux dans lesquels » les personnes précitées travaillent.



Exemples et zones d’ombres de cette définition


La définition proposée par le texte n’est pas des plus aisées.


S’agissant d’abord des personnels exerçant au sein d’établissements visés par l’obligation vaccinale, la dérogation générale pour les « personnes chargées d’une tâche ponctuelle » au sein des locaux peut poser question : si elle vise naturellement les prestataires extérieurs ponctuels (réparation, livraison…), nous considérons qu’elle doit également viser les vacataires de la fonction publique. En revanche, elle ne nous semble pas devoir aller au-delà : ainsi, les « faux vacataires » (agents exerçant sur de très courtes durées mais régulièrement) doivent selon nous être vaccinés au sens des dispositions de la loi du 5 août 2021.


Ensuite, s’agissant des personnels exerçant dans les mêmes locaux que des professionnels de santé et autres personnels concernés par l’obligation vaccinale (listes n° 2 et 3 ci-dessus), la définition donnée semble relativement floue : le texte considère que par « mêmes locaux » il faut entendre « espaces dédiés à titre principal à l’exercice de l’activité [de ces professionnels] ainsi que ceux où sont assurés, en leur présence régulière, les activités accessoires, notamment administratives, qui en sont indissociables ».


Qu’est-ce que l’activité accessoire, et notamment « l’activité accessoire administrative » exercée « en présence régulière » d’un de ces personnels ? A titre d’exemple, doit-on considérer que le psychologue intervenant en milieu scolaire dans un bureau situé au sein du service de conseil et de prévention de l’établissement oblige les personnels dudit service (conseiller principal d’éducation, conseiller d’orientation…) à se vacciner ? Le psychologue est présent toute la journée, utilise les mêmes équipements collectifs que les personnels du service, et échange avec eux sur les élèves…


Notons que la DGAFP et la DGCL n’apportent aucune précision supplémentaire sur ce point dans leurs notes et « Questions/réponses ». Cette formulation nous semble ainsi susceptible de créer d’importantes difficultés concrètes de mise en œuvre.



I.B – Mise en œuvre de l’obligation vaccinale


L’obligation vaccinale est entrée en vigueur dès la publication de la loi, et court (pour l’instant) jusqu’au 15 novembre 2021[18].


Les agents doivent présenter[19], au choix :

  • Un justificatif du statut vaccinal attestant d’un schéma vaccinal complet (28 jours après l’injection du vaccin Janssen ou 7 jours après la 2ème dose des vaccins s’administrant en deux injections)[20] ;

  • Un certificat de rétablissement (délivré sur présentation d’un résultat positif à un examen de dépistage RT-PCR ou à un test antigénique réalisé plus de onze jours et moins de six mois auparavant. Certificat valable six mois à compter dudit résultat)[21]. Avant sa fin de validité, l’agent doit à nouveau présenter un justificatif valable[22].

  • Un certificat médical de contre-indication, qui comprend éventuellement une date de validité[23]. Les cas de contre-indication sont listés à l’annexe 2 du décret n° 2021-699 du 1er juin 2021[24].


Toutefois, deux périodes transitoires sont prévues[25].


Pour la période du 9 août au 14 septembre 2021 inclus, les agents peuvent présenter, à défaut des justificatifs précités :

  • Un examen négatif de dépistage RT-PCR réalisé moins de 72 heures avant l’accès ;

  • Un test négatif antigénique réalisé moins de 72 heures avant l’accès ;

  • Un autotest négatif, réalisé sous la supervision d’un professionnel de santé habilité, moins de 72 heures avant l’accès ;


Pour la période du 15 septembre au 15 octobre 2021 inclus, les agents peuvent continuer à présenter les trois justificatifs précités, mais qui doivent alors obligatoirement être accompagnés de la preuve de l’administration d’au moins une dose des vaccins soumis à deux doses.



I.C – Contrôle de l’obligation vaccinale


La liste des justificatifs admis est fixée par l’article 2-3, I, du décret n° 2021-699 du 1er juin 2021 : ce sont les documents officiels remis par les systèmes d’informations habilités (« SI-DEP » pour les tests, « Vaccin Covid » pour le statut vaccinal).


Ils peuvent être présentés sous format papier ou numérique[26].


Le contrôle ne doit porter que sur les noms, prénoms et date de naissance de la personne concernée ainsi que le justificatif en question[27]. Hormis pour le statut vaccinal complet et le certificat de contre-indication (voir ci-dessous), les données ne peuvent pas être conservées. Le contrôle peut être effectué via l’application mobile « TousAntiCovid Vérif », auquel cas l’employeur doit en informer le préfet du département.


Sont habilités à contrôler les justificatifs (pour ce qui intéresse la fonction publique)[28] :

  • Les responsables de lieux, établissements et services concernés ;

  • Les personnes habilitées par ces derniers : l’habilitation doit être nominative, et le responsable doit tenir un registre mentionnant les personnes et services habilités, la date de leur habilitation, et les jours et horaires des contrôles effectués.


Pour ce qui est propre au statut vaccinal ou au certificat de contre-indication, la loi prévoit plusieurs précisions :

  • Ce sont les employeurs qui sont chargés du contrôle pour les personnes placées sous leur responsabilité (les ARS pour les autres)[29] ;

  • Pour éviter un contrôle régulier d’un même document, la preuve du statut vaccinal ou le certificat de contre-indication peuvent être conservés par l’employeur / l’ARS durant toute la durée de l’obligation vaccinale[30] ;

  • L’agent peut décider de transmettre le certificat de contre-indication au médecin du travail / de prévention plutôt qu’à l’employeur : ce médecin informe alors simplement l’employeur de la satisfaction à l’obligation vaccinale, le cas échéant avec la date de validité de cette obligation[31] ;

  • Les employeurs doivent s’assurer de la conservation sécurisée de ces informations, et de leur parfaite destruction à la fin de la période concernée[32].


NB : absence de contrôle médical : si la loi prévoit la possibilité d’un contrôle du certificat de contre-indication par le médecin-conseil de l’assurance maladie à laquelle appartient la personne concernée[33], aucun dispositif similaire n’est prévu pour les agents publics (tel que le recours à un expert, comme dans le cadre du contrôle des congés de maladie).


NB : dialogue social : si la loi prévoit expressément que le comité social et économique des entreprises est informé sans délai des mesures de contrôle prises dans ce cadre[34], aucun dispositif similaire n’est prévu pour les instances représentatives du personnel dans la fonction publique. La DGAFP et la DGCL recommandent néanmoins dans leurs « Questions/réponses » et autres document d’informations d’entretenir un dialogue social régulier avec les organisations syndicales représentatives sur ce nouveau dispositif. Il nous semble même qu’une consultation préalable du CHSCT est indispensable, au regard des compétences de cette instance.



I.D – Conséquences et sanctions liées à l’obligation vaccinale


Conséquences et sanctions pour les agents soumis à l’obligation vaccinale


C’est l’article 14 de la loi n° 2021-1040 du 5 août 2021 (et particulièrement son III pour les agents publics) qui prévoit les conséquences et sanctions de l’absence de satisfaction, par les agents, aux obligations précitées.


L’agent qui ne satisfait pas aux obligations précitées ne peut tout simplement plus exercer son activité.


Lorsque l'employeur constate qu'un agent public ne peut plus exercer son activité, il l'informe sans délai des conséquences qu'emporte cette interdiction d'exercer sur son emploi ainsi que des moyens de régulariser sa situation.


L'agent public qui fait l'objet d'une interdiction d'exercer peut utiliser, avec l'accord de son employeur, des jours de congés annuels. Notons sur ce point qu’il nous semble difficile pour l’employeur de refuser la pose de congés annuels pour motif tiré de l’intérêt du service, dès lors qu’à défaut de cette pose, l’agent sera suspendu mais conservera la possibilité de poser lesdits congés ultérieurement…


A défaut, il est suspendu de ses fonctions ou de son contrat de travail.


La suspension. s'accompagne de l'interruption du versement de la rémunération (contrairement à la suspension conservatoire en matière disciplinaire[35]).


Elle prend fin dès que l'agent public remplit à nouveau les conditions liées à l’obligation vaccinale. Elle ne peut être assimilée à une période de travail effectif pour la détermination de la durée des congés payés ainsi que pour les droits acquis au titre de son ancienneté.


NB : suspension « Covid-19 » et stage : la DGAFP et la DGCL estiment que la période de suspension n’entre pas en compte comme période de stage, ce qui sous-entend que le stage doit être prolongé du temps nécessaire. Cette précision – non prévue par les textes eux-mêmes – n’a rien d’évident. Ainsi, par exemple, et par comparaison, la suspension conservatoire préalable à sanction disciplinaire du stagiaire n’entraîne prolongation du stage que si l’employeur le décide expressément[36].


Pendant cette suspension, l'agent public conserve le bénéfice des garanties de protection sociale complémentaire auxquelles il a souscrit.


Par ailleurs, lorsque le contrat à durée déterminée d'un agent public contractuel / non titulaire est suspendu en application de ce dispositif, le contrat prend fin au terme prévu si ce dernier intervient au cours de la période de suspension.


En raison de son caractère provisoire, la suspension n’entraîne pas la vacance de l’emploi de l’agent[37].


Rappelons que la suspension liée à l’absence de respect de l’obligation vaccinale, comme l’ont relevé la DGAFP et la DGCL dans leurs « Questions/réponses » respectifs, « n’est pas une sanction disciplinaire et ne repose pas sur les fondements de l’article 30 du statut général. » La loi du 5 août 2021 ne fait effectivement pas référence à ce dispositif prévu en amont d’une sanction disciplinaire.


L’agent reste en position d’activité : il ne peut donc bénéficier des allocations d’aide au retour à l’emploi, et reste soumis à ses obligations statutaires, notamment celles limitant le cumul d’activités.


Contrairement à la situation de l’agent suspendu pour défaut de présentation d’un passe sanitaire hors obligation vaccinale (voir ci-après), les textes ne prévoient pas de possibilité d’ « affectation temporaire » sur un autre poste pour l’agent qui ne satisferait pas à l’obligation vaccinale (affectation temporaire qui nous semble, en tout état de cause, comme il sera rappelé ci-après, impossible juridiquement).


S’agissant de la mise en œuvre de la suspension « Covid-19 », la DGAFP et la DGCL formulent, dans leurs « Questions/réponses », des précisions de bon sens :

  • La suspension doit faire l’objet d’une décision écrite.

  • Elle doit être notifiée à l’agent (conformément aux règles classiques d’entrée en vigueur des décisions individuelles), par tout moyen permettant d’assurer la preuve de cette notification. Cette preuve peut être établie par une signature de l’agent lors de la remise, ou par la délivrance par agent assermenté (huissier, policier municipal…).


NB : preuve de notification : Nous ne partageons pas la position de la DGAFP et de la DGCL qui estiment qu’une remise de la décision devant témoins suffirait à prouver la bonne notification de la décision : ce mode de preuve n’est pas, à notre connaissance, admis par le juge administratif, et pourrait soulever des difficultés liées au secret médical selon la nature des témoins.


La méconnaissance par l’agent de l’interdiction d’exercer est sanctionnée par l’amende des contraventions de quatrième classe (750 euros au plus)[38].


Enfin, notons que lorsque l’agent ne peut plus exercer son activité en raison de ces dispositions depuis plus de 30 jours, l’employeur en informe, le cas échéant, l’ordre professionnel dont il relève[39].



Conséquences et sanctions relatives au contrôle de l’obligation vaccinale


Notons tout d’abord que la présentation d’un faux certificat est punie des peines pénales prévues pour l’établissement de faux (art. 441-1 et suivants du code pénal), avec information par le Procureur de la République, le cas échéant, de l’ordre professionnel auquel appartient l’agent[40].


Ensuite, la loi prévoit que les employeurs sont chargés de contrôler le respect de l'obligation prévue au I de l'article 12 par les personnes placées sous leur responsabilité[41].


L’absence de contrôle du respect de l’obligation vaccinale par l’employeur est, elle, sanctionnée par l’amende des contraventions de cinquième classe (1500 euros au plus)[42]. Si la violation est constatée à plus de trois reprises sur 30 jours, elle est sanctionnée par un an d’emprisonnement et 9000 euros d’amende. Rappelons que ces sanctions sont nécessairement personnelles : elles viseront nominativement le responsable du contrôle (le chef d’établissement, l’autorité territoriale) et ses éventuels délégataires.


Notons qu’en revanche, les textes ne prévoient pas (contrairement, sur ce point, au contrôle concernant le passe sanitaire), de sanction spécifique pour les employeurs qui mettraient en œuvre un contrôle de la vaccination d’agents qui n’y sont légalement pas obligatoirement soumis. Une telle mise en œuvre abusive d’un contrôle vaccinal serait néanmoins sanctionnée à notre sens par d’autres dispositions de l’arsenal normatif français, et notamment les dispositions propres à la violation du secret médical[43].




II – Les personnels soumis au « passe sanitaire »


Hormis les cas, évoqués ci-avant, dans lesquels la vaccination des personnels est obligatoire, certains personnels peuvent se voir imposer la présentation d’un passe sanitaire pour pouvoir continuer à exercer leur activité.


Avant tout, il faut revenir sur ce qu’es