La difficile mise en place du « congé menstruel » dans la fonction publique

La question de la reconnaissance des douleurs menstruelles, notamment dans des situations pathologiques (comme par exemple, l’endométriose), a conduit plusieurs collectivités territoriales à expérimenter la mise en place de dispositifs de congés spécifiques, souvent sous la forme d’autorisations spéciales d’absence (ASA).  

Toutefois, par un jugement en date du 7 janvier 2026 (TA Nantes, 2e ch., 7 janvier 2026, req. n° 2510509) et une ordonnance 25 février 2026 (TA Toulouse, 5 mars 2026, req. n° 2601040) le tribunal administratif et le juge des référés sont venus confirmer, que dans la fonction publique, il n’était pas possible de créer des autorisations spéciales d’absence pour congé menstruel en l’absence de base légale. 

Dans le cadre de ces nouveaux contentieux, les initiatives locales ont de nouveau été contestées par les préfets dans le cadre de l’exercice du contrôle de légalité. 

En 2025 déjà, le tribunal administratif de Toulouse, saisi par le préfet de la Haute-Garonne de sept déférés, avait annulé des délibérations ou arrêtés pris par ces collectivités et instaurant pour leur personnel un régime d’autorisation spéciale d’absence pour règles douloureuses, endométriose, adénomyose ou dysménorrhées (TA Toulouse, 10 décembre 2025, req. n° 2406385 ; 2406596 ; 2406597 ; 2407938 ; 2502176 ; 2503208 ; 2505181). 

Plus récemment, le tribunal administratif, par un jugement rendu public le 7 janvier 2026, a été saisi d’un déféré du préfet de la Loire‑Atlantique dirigé contre une délibération du 4 février 2025 du centre intercommunal d’action sociale de Saint‑Nazaire instaurant, à titre expérimental, un congé menstruel de deux jours par mois sous forme d’autorisations spéciales d’absence.  

Quelques semaines plus tard, le juge des référés du tribunal administratif de Toulouse a lui aussi rendu une ordonnance du 25 février 2026, portant sur un déféré préfectoral visant la communauté d’agglomération du SICOVAL, laquelle avait mis en place dès le 1er avril 2024 une autorisation spéciale d’absence pour congé menstruel, également à titre expérimental, et refusé d’abroger ce dispositif.  

Ces litiges posaient une question de droit identique : en l’absence de texte national, une collectivité territoriale peut‑elle instaurer une autorisation spéciale d’absence pour congé menstruel ; 

• soit par une délibération de son organe délibérant, soit en se prévalant du pouvoir réglementaire du chef de service ; 

• du mécanisme constitutionnel de l’expérimentation locale prévu à l’article 72 de la Constitution et encadré par les articles LO 1113‑1 et suivants du code général des collectivités territoriales.  

S’est aussi posé la question de l’interprétation de l’article L. 622‑1 du code général de la fonction publique, prévoyant des autorisations spéciales d’absence liées à la parentalité et à certains événements familiaux, sans mentionner expressément les situations médicales liées aux menstruations. 

Dans la décision du 7 janvier 2026, le tribunal administratif annule la délibération du CIAS de Saint‑Nazaire pour incompétence, en rappelant que, faute de disposition législative ou réglementaire, il appartient uniquement au chef de service, et non à l’organe délibérant, de fixer les règles relatives aux autorisations spéciales d’absence et d’en accorder à titre discrétionnaire, sous réserve du fonctionnement normal du service :  

« D’une part, les autorisations spéciales d’absence prévues par des dispositions législatives constituant un élément du statut des fonctionnaires intéressés, leurs modalités d’application ne peuvent être définies que par ces dispositions législatives ou par un décret en Conseil d’Etat. En outre, indépendamment de la fixation de règles par les dispositions législatives ou par un décret en Conseil d’Etat, le chef de service est compétent, à l’égard des fonctionnaires placés sous son autorité, pour décider d’octroyer, à titre discrétionnaire, des autorisations spéciales d’absence compatibles avec le fonctionnement normal du service dont il a la charge. 

 D’autre part, en ce qui concerne les personnels non titulaires, il revient au chef de service sous l’autorité duquel ils sont placés, de fixer, dans le silence des lois et règlements, les règles applicables en matière d’autorisations spéciales d’absence. En outre, indépendamment de la fixation de règles en la matière, le chef de service est compétent, à l’égard de ces mêmes personnels et à l’instar des fonctionnaires, pour décider d’octroyer, à titre discrétionnaire, des autorisations spéciales d’absence compatibles avec le fonctionnement normal du service dont il a la charge. 

(…) il résulte de ce qui a été exposé précédemment qu’en l’absence de disposition législative et réglementaire prévoyant ce type d’autorisation spéciale d’absence, il appartient au chef de service de fixer les règles en la matière et de décider d’accorder, à titre discrétionnaire et sous réserve du fonctionnement normal du service, l’autorisation spéciale d’absence sollicitée par l’agent. Par suite, et alors que, contrairement à ce que fait valoir le CIAS, les autorisations spéciales d’absence ne relèvent pas de l’aménagement du temps de travail, le conseil d’administration du CIAS n’était pas compétent pour adopter la délibération du 4 février 2025 en tant qu’elle instaure des autorisations spéciales d’absence de deux jours par mois en cas de règles incapacitantes. » 

De la même manière, dans son ordonnance du 25 février 2026, le juge des référés du tribunal administratif de Toulouse précise même que les moyens tirés de l’absence de base légale et de l’impossibilité de recourir à l’expérimentation locale pour créer un congé menstruel sont propres à créer un doute sérieux quant à la légalité du dispositif, justifiant sa suspension. 

Reprenant son jugement rendu le 10 décembre 2025, le juge des référés écarte de nouveau l’application de l’article L. 622-1 du code général de la fonction publique :  

« 6. Il résulte de ces dispositions que les collectivités territoriales, qui s’administrent librement dans le cadre des lois et règlements, ne peuvent mettre en place d’autorisations spéciales d’absence liées aux règles douloureuses, au cycle hormonal et à l’interruption de grossesse en l’absence à ce jour de dispositions législatives ou réglementaires permettant de mettre en place des autorisations spéciales d’absence dites discrétionnaires autres que celles liées à la parentalité et à l’occasion de certains événements familiaux de l’article L. 622-1 cité au point précédent. » 

La juridiction statuant en urgence écarte aussi la possibilité de se saisir de l’article 72 de la Constitution :  

« 7. Il résulte de ce qui précède que les moyens tirés de ce que la communauté d’agglomération du SICOVAL ne pouvait instaurer un dispositif d’expérimentation prévue par l’article 72 de la Constitution portant sur l’attribution d’un congé menstruel non prévu par la loi et de ce que la décision attaquée est dépourvue de base légale apparaissent propres à créer, en l’état de l’instruction, un doute sérieux quant à la légalité de cette décision. Par suite, le préfet de la Haute-Garonne est fondé à en demander la suspension, jusqu’à ce qu’il soit statué au fond sur sa légalité. » 

Il en résulte une ligne jurisprudentielle claire : en l’état du droit, les collectivités territoriales ne peuvent instituer un congé menstruel sous forme d’ASA, ni par délibération, ni par voie d’expérimentation locale. 

A ce jour, la mise en œuvre d’un congé menstruel reste donc conditionnée à une intervention du législateur, qui pourrait autoriser ce dispositif par le biais d’une autorisation d’absence généralisée et encadrée ; permettant ainsi de prendre en considération la santé menstruelle des femmes travaillant dans la fonction publique et d’améliorer leurs conditions de travail.